מחלקת הפגים במרכז שניידר לרפואת ילדים, בראשות פרופ' לאה סירוטה, מהווה מרכז שלישוני לרפואת פגים וילודים מכל קצוות הארץ ומטפלת בכ-1,000 פגים וילודים מדי שנה. במחלקה מאושפזים פגים וילודים עם בעיות רפואיות מגוונות כגון: מומים מולדים רב-מערכתיים, מומים במערכת העצבים המרכזית, בדרכי העיכול, בדרכי המין והשתן, הפרעות כרומוזומאליות ומטבוליות ובעיות פגות נוספות. במחלקה נמצאים מיטב הרופאים והאחיות וכן אמצעי אבחנה וטיפול מהמשוכללים בעולם. צוות המחלקה כולל רופאים בכירים, רופאים מתמחים, אחיות וכוחות עזר. כמו כן, עובדים במחלקה עובדות סוציאליות, פיזיותרפיסטים ומרפאה בעיסוק. במסגרת המחלקה פועלת גם מרפאת מעקב פגים, אשר עוקבת אחר התפתחות הפגים ושגשוגם עד גיל שנתיים וחצי.

הצורך בשדרוג מחלקת הפגים נובע מהעובדה שהפגייה הנוכחית הוקמה לפני 18 שנה. במחלקה 40 מיטות והיא מהווה את הפגייה הגדולה בישראל. הפגייה בשניידר משמשת מרכז להפניה מבתי יולדות ברחבי הארץ לטיפול בפגים וילודים הסובלים מבעיות בריאותיות מורכבות. תחומי ההתמחות בפגייה במרכז שניידר הלכו והתרחבו, מספר ההפניות מבתי יולדות הלך וגדל, הציוד הלך והתיישן והצורך בציוד חדיש ומציל חיים הלך וגדל, שיטות הטיפול התקדמו ומכאן גם הצורך בהתאמת התשתית הטיפולית לכל הנ"ל.

מאמצים רבים נעשים בבית החולים ובמחלקת הפגים בפרט בכל תחום מניעת הזיהומים. הצפיפות הרבה מהווה סיכון זיהומי לפג ולילוד ואת זאת יש למנוע בכל דרך. אחד הדברים הבולטים והנחוצים ביותר בתכנית השדרוג של הפגייה הוא חלוקת השטח הטיפולי לחדרים אישיים לכל פג וזאת לצורך מניעת זיהומים והענקת הטיפול האיכותי המכסימלי לכל פג. כמו כן, הדבר יאפשר להורים לשהות ליד תינוקם ככל שיחפצו. יחידות פרטניות מעודדות את הקשר בין הפג ומשפחתו ומספקות להם פרטיות ושקט להקלת ההתמודדות במהלך האישפוז. במסגרת הפרויקט תתווספנה גם 10מיטות טיפוליות חדשות ליחידה לטיפול נמרץ פגים וילודים. פרויקט זה הנו ייחודי במדינת ישראל.

עלות פרויקט בניית הפגייה החדשה הינו כ-4.5 מיליון דולר. עמותת נאמני מרכז שניידר לקחה על עצמה גיוס מירב המשאבים הדרושים לפרויקט. במסגרת זו הוקדש האירוע השנתי של העמותה לשנת 2013 לטובת הפרויקט. האירוע התקיים ברדינג 3 ובמרכז האירוע הופעה מרגשת של יהודה פוליקר ונגניו. היתה זו הופעה שבאה מן הלב וחדרה לכל הלבבות.